La historia, tradición y realidad, indican que la ciudad inca tenía la forma de un puma (León de la Montaña), felino considerado como deidad especial en el mundo quechuas. Como evidencia de esto, el nombre de Calle Pumakurko se mantiene y representa la espina dorsal del felino sagrado. El distrito de Pumaqchupan o la "Cola del Puma" está en el punto de encuentro del río Saphi (raíz) con el Tullumayu (Río del Hueso o Río Delgado), delante de donde hoy se encuentra el Hotel Savoy. La cabeza está localizada en Saqsaywaman cuyo nombre derivaría de uma saqsa o "cabeza jaspeada".

La ciudad era de calles estrechas, normalmente rectas y correctamente empedradas. Las paredes de los edificios de la zona central estaban construidas de piedra tallada, mientras en los suburbios eran de adobe (barro-ladrillo) o pirka, con las paredes de tipo rayado con estuco pintado o yeso hecho de arcilla. Los techos eran de paja. 

Las casas no tenían muchas puertas ni ventanas para mantener la temperatura en las estaciones frías.

La vida en la ciudad del Cusco antiguo giró alrededor de su gran Plaza, empedrada con lajas y cubierta con arena del mar para evitar accidentes en las estaciones lluviosas. Esta era dividida en dos sectores por el río Saphi. En el sector llamado Huakaypata, sector ceremonial o, como señala la tradición, Wakaypata, el sector llorón, se realizaban las ceremonias políticas y religiosas más importantes del Tahuantinsuyo. La otra mitad de la Plaza era el Kusipata, sector de la alegría, porque allí, después de las grandes ceremonias, la población se concentraba para llevar a cabo sus fiestas, comer y beber. Por el centro de estos dos sectores había una alta plataforma conocida como Usnu desde donde los incas, sacerdotes u otros oficiales se dirigían a la gente.

Alrededor de la Plaza estaban los edificios más importantes, principalmente palacios de algunos Incas. Cada palacio ocupó un territorio ancho, casi siempre un bloque o cancha (patio alrededor del cual se disponían varios recintos de planta rectangular, conformando la unidad básica de la arquitectura residencial inca). Allí también moraba la panaca del Inca, su familia.

Hacia el nordeste destacaba el palacio del Inca Pachacútec, conocido como Qasana, y que hoy forma esquina con la Calle de Plateros; hacia el norte estaba el palacio de Inca Roqa nombrado Qoraqora; el palacio del Inka Wiracocha, el Kiswar Kancha, estaba en el área dónde actualmente está la Catedral. Delante de ese palacio había un Suntur Wasi, edificio que tenía forma cilíndrica que sirvió como Casa de los Emblemas, recinto donde se guardaban los estandartes sagrados del Inca; al este del anterior, el Hatun Kancha que perteneció al Inka Yupanqui; en el Pukamarka que era el palacio de Tupaq Inka Yupanqui, ubicado hoy en la Calle Maruri, todavía se ven sus magníficas paredes.

El palacio de Hatunrumiyoq, hoy palacio Arzobispal, en donde se encuentra la Piedra de los Doce Angulos, perteneció a Inka Roca; se supone que el palacio de Qollqanpata, localizado en la parroquia de San Cristóbal, fue propiedad del Inca Manco Capac. El Amaru Kancha fue el palacio de Huayna Qapaq, ocupado actualmente por la Compañía de Jesús, hoy rodeada por la avenida el Sol, calles Afligidos y Loreto. Delante de este último palacio también había otro Suntur Wasi.

Alrededor del Kusipata, la actual Plaza de Armas, no había ningún otro palacio, pero las áreas ya estaban preparadas y amuralladas para los futuros edificios. Aquí, también, cada 5 días, se llevaba a cabo el qhatu (mercado), basado en el trueque (intercambio de productos), a la que asistían cientos de personas.